Bom, eu não encontrei um guia detalhado o suficiente de pronúncia, então vou ter que tentar explicar eu. Provavelmente não sou o mais indicado para isso, mas... Bom, a Ana deve poder explicar melhor (ou confrontar

)as idéias daqui.
Primeiro o básico:
O som do "c" (antes de "a", "o", "u") é representado, no alfabeto fonético, pela consoante [k]. No caso de "e" e "i", usamos "qu" para representar esse som.
Existe uma variante desse som que é representada por "qu" antes de "a", "o", "u" e "qü" antes de "e" e "i". Tecnicamente, o que acontece é chamado "labialização" (repare que para pronunciar "qual", os lábios se fecham um pouco, ao contrário do que acontece ao pronunciar "casa"), e esse som é representado por [gw].
Então temos aqui dois sons diferentes, ainda que parecidos. Essa distinção deve ser representada no MTP, ao meu ver.
No entanto, a coisa complica um pouco mais.
Na verdade, o "c" seguido de "a", "o", "u" não é exatamente igual ao "qu" seguido de "e", "i". Ao pronunciarmos, por exemplo, "que", a consoante [k] muda um pouco. Para ver isso, pronunciem "que" com um "e" mesmo no final, sem virar "qui". O que acontece é que surge um "i" (bom, algo que soa como um i, na verdade) ali antes do "e": "quie". É bem curto, mas dá para notar. Esse fenômeno é chamado palatização, e se repararem bem, vão ver que para pronunciar "que", a língua sobe, encostando no palato, vulgo céu da boca.
Essa outra consoante, palatizada, é representada por [c]. No entanto, ela só aparece nesse caso: quando um [k] vira [c] antes de [e] ou
. E o [k] sempre vira [c] antes de [e] ou . Então por causa disso, e por ser uma distinção que as pessoas não notam, esse detalhe eu acho dispensável de ser representado no MTP.
Bom, vale dizer que esse fenômeno da palatização possivelmente não ocorra em todas as regiões do Brasil. Eu representei ali a minha pronúncia, mas pelo que ouço de pronúncias "neutras" (como jornalistas da Globo), parece ser o que acontece sim.