No começo, o objetivo dos Gundam, pelo que entendi, é seguir ordens ou seja destruir a Aliança Militar e libertar as colônias. Aí a OZ assume o controle por causa de um erro do Heero, e os pilotos ficam desorientados. No final, eles resolvem querer destruir todas as armas para obter o pacifismo total da Helena.
Acho que é isso...
Como eu adoro ser chato (
) vou tentar deixar a explicação dada um pouco melhor.
Aviso -- Spoilers!!!
O mundo está em guerra. Mobile suits são os grandes guerreadores, Mechas gigantes de combate.
Os Gundams (mobile suits que são construidos de gundanium, um metal quase indestrutível por métodos convencionais) foram construídos por 5 cientistas, cada um por um cientista diferente, que visavam o bem para as Colônias, que já existiam há 195 anos. As Colônias estavam começando a se irritar com as ações de 3 organizações: A Earth Sphere Alliance, OZ, e o Romefeller Foundation. O plano original era lançar colonias contra a terra, assim destruindo o ambiente terráqueo, ultimamente matando quase todos os terráqueos. Os Gundams seriam enviados, e com os 5 Gundams as Colônias teriam Supremacia sobre a terra. Essa operação era a Operation Meteor (ou Operação Meteoro) original, mas os cientistas tinham achado essa decisão muito rápida e mal formulada, então decidiram somente mandar os Gundams, para conquistar a terra. Cinco foram mandados em cantos diferentes da terra, sendo que todos recebiam suas proprias ordens.
O Wing Gundam, o único transformador, era o Gundam do garoto com o codinome Heero Yui. Ele era o mais obscuro de todos os pilotos, e encontrou a Relena Darlian (mais tarde descobrindo ser da dinastia Peacecraft, a dinastia que procurava somente paz), que ameaçou de matar, por saber do seu segredo. Mas, em várias ocasiões, ele teve a chance, mas nao conseguia mata-la.
Mais tarde, todos os 5 pilotos finalmente se juntam, e começam a atacarem juntos, até que a Lady Une da OZ (que tomou controle da Earth Sphere Alliance), decide ameaçar de destruir as colônias. Todos os Gundams param, e Heero faz a autodestruição do seu Gundam. Os outros Gundams, sem saber o que fazer por terem perdido o seu "líder", fogem e esperam a sua recuperação. Enquanto isso, Zechs Marquise (mais tarde Milliardo Peacecraft, irmão de Relena) pilota o seu Tallgeese, o protótipo de todos os Gundams.
Heero se recupera, e Zechs desafia ele a uma batalha. Relena intervém, e no fim os dois vao por caminhos separados. Mas, OZ decide se unificar com as Colônias, e as colônias aceitam. Os Gundams, sem rumo por nao terem mais pelo que lutarem, lutam pela sobrevivencia. Todos se lançam para o espaço, onde várias coisas acontecem. Para começar, Heero e Trowa (um piloto de um dos Gundams) se juntam a OZ. Os Mobile Dolls são criados, mobile suits que nao precisam de pilotos, dependendo somente de estimativas matemáticas para lutar. Quatre (outro piloto) se enfurece quando as colônias matam o seu pai, e segue para construir um dos mais poderosos Gundams. O Gundam Wing Zero, que utiliza o sistema Zero, destrói colônias com um só tiro e tem velocidade superior aos Mobile Dolls e aos proprios Gundams. Mas, esse mobile suit usa um sistema que envia dados diretamente para o piloto, causando o piloto a se enlouquecer e nao saber mais qual é seu inimigo, destruindo tudo que vê. Numa luta entre Quatre contra Heero e Trowa (pilotando gundams construidos por OZ, graças aos cientistas), e Trowa perde a memória na luta. Heero consegue fazer Quatre voltar a pensar direito, e convence-o de se livrar do Gundam. Depois de um tempo, Duo (cujo Gundam havia sido destruído) e Wu-Fei (cujo gundam tambem havia sido destruido) descobrem que seus Gundams estão sendo reconstruidos e melhorados. Zechs acaba por controlar um novo Gundam com um novo sistema, o próprio Wing Zero.
Enquanto isso, Heero (que havia voltado para a Terra) é entregado o Epyon, outro Gundam com o mesmo sistema que o Zero, tão poderoso quanto ele. Heero e Zechs lutam uma luta incrível, mas no fim os dois trocam de Gundams. Avançando um pouco no tempo, Zechs acaba por conseguir controle de todas as colônias, sob o nome da organização White Fang. Treize Kushrinada (o antigo líder de OZ, que entregou o Epyon a Heero) lidera suas forças contra Zechs. E todos os Gundams se reunem e partem para a batalha tambem. Uma grande batalha se trava, na vespera do Natal, uma luta entre a Terra, o Espaço, e os Gundams. No final, Zechs tenta mandar a sua nave-mae (libra, uma nave mais ou menos do tamanho do Texas) contra a terra, mas Heero intervém e destroi a ultima parte, já saindo da atmosfera. Zechs é perdido numa explosão dentro da nave. Paz agora existe. Mais tarde, a filha de Treize tenta conseguir poder sobre a Terra, mas Heero mais uma vez salva o dia. Todas as armas do mundo são descartadas, e nunca mais se vê um mobile suit na terra. Paz existe, e dessa vez ela não vai acabar.
Atenção -- Fim dos Spoilers