Um exemplo de pq passou longe: Os pássaros não criam a própria comida. Se isso também for um problema de escala, então tudo também é. Uma comparação válida é que assim como os pássaros alteram o ambiente para construir seus ninhos, os seres humanos também constroem grandes edifícios. Sobre que o ser humano mudou praticamente tudo no ambiente para facilitar a sua vida. Só falta dominar as forças da natureza. Isso definitivamente não pode ser um problema de escala.
Eu não quis dizer que essa e todas outras diferenças são diferenças de escala, muito pelo contrário né, considerei explicitamente outros tipos de diferenças. Mencionei o problema da escala porque você em seguida colocou uma objeção simplesmente falando, sem quaisquer outras especificações, que a comparação "passou longe" porque o ser humano alterou "todo o ambiente". E a questão de alterar "todo o ambiente" ou alterar uma parte do ambiente é sim uma questão de escala.
Óbvio que podemos citar dezenas de outras diferenças além dessa questão de escala, como a que você citou agora e outra que eu mesmo citei (a diferença na complexidade/criatividade da alteração). A existência dessas diferenças não implicam que a comparação "passou longe", porque a comparação passa ou não longe dependendo de onde está o alvo que o autor da comparação quer chegar, dos aspectos específicos que ele está comparando. Afinal quaisquer coisas comparadas tem incontáveis diferenças, o que importa na comparação são os aspectos que são especialmente úteis à discussão. E a comparação foi no sentido de que tanto o pássaro ao construir o ninho tanto o ser humano podem se encaixar na frase "Nós vivemos na Terra, mas adaptamos o ambiente para as nossas necessidades" (frase a qual estava respondendo e iniciou a discussão), ou que "ele também está alterando o ambiente", capacidade esta que seria "uma adaptação ao ambiente". (frases imediatamente após a comparação que explanam em que sentido são parecidos).
Tenho a impressão de que, apesar de escrever meramente essa frase, você estava pensando em adaptações mais específicas (talvez mais complexas ou inteligentes), daí criou todas objeções que, essas sim, "passaram longe" de onde a discussão estava se encaminhando, afinal a comparação com o ninho, no meu post, era meramente um acessório ou um gancho para o restante do post que, respondendo ao seu "e aí?", defendia o fato de que a capacidade de adaptar o ambiente é ainda assim um fruto de adaptação (darwiniana) ao ambiente - e esse é o aspecto relevante em que são semelhantes o ato de construir um ninho e mesmo o ato de 'criar a própria comida'.