E por que o Obito, antes de chegar, enchergou, na visão do Kakashi, a Rin sendo perfurada? Acho que pode ter sido pelo fato de o Kakashi ser um clone do Zetsu. A Rin pode até ser real... mas talvez o Kakashi seja uma cópia do Zetsu - afinal, foi explicado que há uma ligação telepática entre os Zetsus, né? E o Obito tá ligado a um clone do Zetsu, e por isso essa imagem teria vindo em uma forma de "interferência". Além do mais, no futuro o Tobi disse que ele se tornou malígno por que o Kakashi
deixou a Rin morrer. Ele não disse "Foi porque você
matou a Rin".
Caso seja um clone do Zetsu matando a Rin, acho que muito provavelmente o Obito vai descobrir a realidade. Principalmente porque, no futuro, ele extrairia a verdade muito facilmente do Zetsu, já que possui um alto nível de controle sobre o Sharingan. Mas, mesmo que ele descobrisse a verdade - e mesmo que tivesse uma raiva enorme do Zetsu no início -, ele fatalmente aceitaria a realidade ilusória que o Madara ofereceu para ele. Ele mesmo já falou, que essa realidade repleta de mentiras não interessa em nada a ele. Ele só quer completar o plano do Mugen Tsukuyomi. Se o Zetsu foi o responsável pela morte da Rin, se o Kakashi deixou ela morrer, nada mais disso importa... ela um dia morreria mesmo, e isso o Obito já não suportaria. Na eternidade onírica, como o Madara disse muito bem, até mesmo os mortos podem "voltar" à vida. E isso já é o suficiente para se tornar o sonho do Tobi. Tanto quanto é sonho do Naruto virar Hokage e conseguir a paz para o mundo shinobi.