Como ja foi dito muitas e muitas vezes, em sua época isso era um costume normal, um símbolo de status social, apenas hoje em dia é considerado um costume "ruim" (entre aspas porque não é ruim de verdade...
não fumo cigarro, mas prefiro mil vezes mais estar dentro de um quarto fechado com uma pessoa fumando do meu lado do que ter que aguentar a música sertaneja do vizinho no ultimo volume...manias são manias, cada um tem a sua e temos de respeita-las,
se fossemos abrir mão de todas as coisas boas do mundo porque fazem mal então deveríamos nos trancar pelo resto de nossas vidas em um quarto hermeticamente fechado e passar a comer apenas alface )...em História chamamos de Anacronismo quando se julga o passado de acordo com o presente, e acredite, é a primeira coisa que se é aconselhado a não fazer quando se entra no curso...
mas voltando apenas ao assunto do fumo: não, na minha opinião não há nenhuma apologia, e de qualquer modo, até onde eu saiba SdA nunca foi literatura infantil, então não vejo porque Tolkien se preocuparia com isso...
obs: e já que em sua época era um símbolo de status, então haviam grandes possibilidades dele imaginar seus filhos sentados em uma poltrona ao lado de uma lareira e fumando cachimbo