Em relação à reconhecimento no mercado, acredito que haja, se não (ou senão?) um preconceito contra o ensino à distância, uma preferência ao ensino presencial.
Em relação ao aprendizado, ao menos no meu curso - economia em universidade federal, creio que não haja diferença em como você estude. Sinceramente o nível da UFPR no meu curso foi ridículo, e você aprende muito mais lendo livros e conversando com colegas (único diferencial) do que com professores. No meu caso, creio que nem precise de faculdade para se desenvolver no assunto, mas apenas força de vontade para ler livros correlatos. E é isso que estou fazendo para aprender matemática aplicada.
Só que acho que isso vale apenas para quem já experimentou o ensino presencial, ou seja, a primeira graduação eu recomendo ser presencial, por toda a experiência emocional que ela envolve.