Ouvi muita gente falando a mesma coisa da participação das Águias em O Retorno do Rei. Paciência.
Em O Senhor dos Anéis a participação das águias não me incomoda, porque as vejo ali quase como extensões da vontade dos valar, e de Manwë em especial. Nas duas primeiras vezes que elas interferem (salvando Gandalf do cativeiro de Saruman, e resgatando Gandalf após a luta do balrog) elas interferem em problemas causados por Saruman e pelo balrog, ou seja, em problemas causados por ainur, por seres angélicos, então não vejo essa participação das águias como uma intervenção direta de Manwë na ordem 'terrena' e 'natural' dos acontecimentos, já que também os problemas foram causados por seres não 'terrenos', tanto o problema quanto a solução são 'sobrenaturais' e isso acaba anulando o efeito
deus ex machina.
A participação das águias na batalha do Portão Negro eu já acho simplesmente simbólica e não uma importante intervenção na ordem dos eventos, porque não alteraria os eventos envolvendo a destruição do anel, a queda de Sauron e tudo mais. Já nas águias resgatando Frodo e Sam eu vejo sim uma intervenção direta e sobrenatural, como uma recompensa divina à Frodo e Sam pela tarefa e sacrifício realizados.
Já em O Hobbit as águias são apenas águias, sem nenhum significado em especial, estão ali por uma questão casual mesmo, sendo só um artifício do autor para salvar os personagens. Quanto ao fato das águias não levarem os anões à Montanha, também há uma desculpa, pragmática e de pouco significado 'espiritual':
O Senhor das Águias não estava disposto a levá-los a nenhum lugar onde houvesse homens. - Eles atirariam em nós com seus grandes arcos de teixo - disse ele -, pois pensariam que estamos atrás de suas ovelhas. E, em outra ocasião, estariam certos. Não! Estamos satisfeitos por atrapalhar as brincadeiras dos orcs e satisfeitos por retribuir o que nos fez, mas não vamos nos arriscar por anões nas planícies do sul.