Bem, primeiramente, quando disse mitológicas, me referia a uma concepção tida como distante, porém passível de crença. Em segundo, os Hobbits são humanos, não uma raça totalmente díspar, vide Contos Inacabados.
A concepção que receberam de deidades provém daquilo que sobrou da cultura dos Fiéis, o que por sua vez provém dos quendi, e de sua visão de Mundo, com adapções. Sendo assim, os Hobbits teriam na Terceira Era uma noção, talvez não cética, mas bem transfigurada, e adaptada a seus ideais. O Condado era, analogamente, como a pólis grega, um território de autonômia político-administrativa (na época dos Thain, após o fim do Reino de Arnor), e sendo assim, um apanhado de genos (vejam o valor conferido ao sobrenome, a qual família um Hobbit era ligado, e o status que isso conferia). Desta forma, as deidades antes conhecidas, e assimilidas, são moldadas por esses interesses, mas não esquecidas. Pode-se notar em fábulas, ou poemas Hobbits que o monoteísmo (Eru) está presente, mesmo que sem o uso de termos específicos, os quais teriam sido esquecidos. A referência aos Poderes é muito superficial, mas não diria que inexistente. Tratamos de mitos transformados, não perdidos. Os "elementos da natureza", como citados, são referências a determiados poderes, ou como suas ações agora eram vistas.
Os Hobbits, ab initio, provávelmente tiveram ciência da religiosidade humana, e com isso, algumas reminiscências desta época seriam notadas. Mais uma vez, mesmo "transformados", a essência Hobbit é humana.
Sendo assim, eles não teriam uma religião diferenciada, mas devido ao isolamente, uma adaptação da crença em Eru, nos Poderes, e nos demais mitos de Arda. A colocação "naturalista" parece-me fora de contexto, a não ser se a tratarmos como uma relação dos antigos costumes ligados a crença dos Poderes, com elementos da natureza. A questão é que nesse desenvolvimento particular muito foi adaptado, mas nada criado. Com a política adotada pelo Rei Elessar, na época do Reino Re-Unido manteve viva, e respeitada essa nova tradição, sem interferências.