Comece sempre sem peixes. O ideal é que o aquário funcione pelo menos 1 mês sem nada nadando nele, pra criar a parte viva do substrato. Mas o mais garantido é 3 meses. Ele fica biologicamente maduro com meio ano. Acho mais fácil tbm ir adicionando as plantas aos poucos.
Coloque o substrato e tudo o que for mineral, e a água. Toda. Só. Deixe rodando por várias horas, talvez dias, pra que tudo o que for sólido decante ou entre no filtro, o fluxo de água forme seu caminho (quanto mais fino o cascalho mais ele se mexe), etc.
Daí coloque o que for de troncos (vá tirando água à medida que o nível for subindo). Eles provavelmente vão zoar com a tua água, especialmente se forem novos. O que se vende em loja como o colega falou ali em cima é aroeira, mas eu usei um pedaço de braúna que peguei no mato. Em qualquer dos casos, se vc nunca usou ele antes, terá que tratar. Coloque totalmente imerso em um balde d'água e deixe por 15 dias. Troque totalmente a água e deixe mais 15 dias, etc, até que a água pare de mudar de cor. Ela vai continuar mudando a cor da água
forever, só que a partir de um certo ponto vc não vê mais a diferença em 15 dias. Se já usou o tronco antes, pode colocar direto, mesmo que esteja seco há muito tempo. Coloque só uma parte das plantas (umas 3 mudas, talvez). Deixe rodando por mais uma semana, e meça o nível das coisas. O mais importante de tudo é o pH:
tem que ser baixo. A água pode vir da torneira com pH 8, não é bizarro, mas se com tronco e planta o pH estiver alto tem alguma coisa errada (procure se tem alguma pedra rica em cálcio e retire. Cálcio alcaliniza a água). Aquário amazônico o pH bom é perto de 6.
O tronco acaba virando uma peça viva do aquário (equivalente às rochas vivas de um aquário marinho), por isso é importante deixar ele na água sozinho com algumas plantas. Se for usar musgo de java, amarre direto no tronco.
A cada semana meça os valores das coisas todas e adicione mais algumas plantas. Quanto mais devagar vc adicionar coisas novas, mais controle vc tem sobre o que tá causando o quê.
Seguindo esse método vc vai ter o aquário totalmente montado só depois de mais de um mês, sem peixe. Não é tão ruim, vc acaba se divertindo fazendo o paisagismo dele a cada alteração, vc acaba tendo um jardim aquático. Eu gosto tanto dessa parte que o único aquário que eu tenho hoje não tem peixe nenhum, é um jardim aquático mesmo (fotos em breve).
A idéia é vc ficar um bom tempo só com isto:
O meu jardim aquático só tem musgo de java e criptocorine (a plantinha no canto direito dessa foto), mas isso foi escolha minha. A valisnéria costuma ser a primeira planta de todo mundo
quando não é a elódea
Aquário amazônico não é tão chato quanto marinho ou ciclídeo, que vc tem que controlar dureza, ficar com a rédea do pH na mão o tempo todo, etc. Se o pH oscilar pra 6,5, ou pra 5,5, não faz diferença. Meio ponto pra cima ou pra baixo do ph tipico do peixe q vc pretende colocar não tem problema. Se o seu aquário não for um absurdo de plantas, vc não precisa de injeção de CO2. O da foto ali, por exemplo, não precisa. Eu nunca tive um que precisasse.