Vamos tentar ser bem explicativos.
Quando o universo (Ëa) foi criado, passou a existir o tempo.
Mas ele só passou a ser contado (de certo modo) após a entrada dos Valar em Arda, o Reino da Terra.
Assim, começou a contagem dos chamados "Anos dos Valar" (Valian Years). E essa primeira era foi chamada Era das Lâmpadas, pois os Valar criaram poderosas lâmpadas para iluminar a Terra-média.
Mesmo depois da destruição destas, os Anos dos Valar continuaram a ser contados, mas uma nova era começou, a Era das Árvores, pois em Valinor, no Oeste, foram criadas as maiores obras de Yavanna.
Os elfos, ao chegarem no Oeste, passaram a contar os "Anos das Árvores", que duravam 144 anos dos nossos anos solares. E três "eras" das Árvores se passaram, durante o qual ocorreu o cativeiro de Melkor. E ao fim desse cativeiro, mais alguns anos se passaram, até que aliado a Ungoliant, Melkor destruiu as Árvores.
Assim se passou a Era das Estrelas (que já existia de fato na Terra-média desde o despertar dos elfos).
Pouco tempo depois da morte das Árvores, os noldor partiram para a Terra-média e, com a chegada da hoste de Fingolfin, surgiu a Lua, e uma semana depois o Sol.
E assim começou a contagem de Eras que é utilizada n'O Senhor dos Anéis (as Eras do Sol).
A Primeira Era do Sol durou aproximadamente 500 anos. Nela ocorreu a Guerra das Gemas, dos elfos noldor e seus aliados contra Morgoth, que havia roubado as Silmarils. Essas histórias são contadas no Quenta Silmarillion.
O fim da Primeira Era se deu com a Guerra da Ira, na qual os Valar e suas hostes destruíram o continente de Beleriand para acabar com o mal de Morgoth, e o lançaram no Vazio.
A Segunda Era do Sol durou aprox. 3000 anos foi predominantemente a Era de Númenor - pois os homens do Oeste, que tanto sofreram na Guerra contra Morgoth, receberam dádivas dos Valar e uma ilha lhes foi presenteada, no meio do Grande Mar. Mas também esta foi a Era em que ocorreram as grandes guerras dos elfos contra Sauron, o servo de Morgoth.
O fim da Segunda Era se deu após a Queda de Númenor e o afundamento da ilha - na verdade, alguns anos depois, quando Sauron foi derrotado por Isildur, filho de Elendil.
E assim começou a Terceira Era, na qual se passam as histórias d'O Hobbit e d'O Senhor dos Anéis. Uma era de muitas mudanças, em que os elfos e anões estavam declinando e que mostrava o início das eras dos homens, mais curtas.
O final da Terceira Era do Sol ocorre após os eventos descritos n'O Senhor dos Anéis, que conta a história da Guerra do Anel e do Retorno do Rei.
Sabemos apenas algumas informações sobre a Quarta Era, mas é certo que é uma era em que a "magia" estava cada vez mais abandonando a Terra-média e que muito do que havia estava fadado a mudar. Considerando que a Terra-média seria a Europa em tempos distantes, segundo Tolkien, e que ele mencionou em uma carta que estamos na Sexta Era do Sol, alguns tentam conciliar certos eventos (como o nascimento de Cristo) como sendo o fim da Quinta Era, por exemplo. O fim da Quarta Era deve ter incluído eventos um tanto catastróficos, que teriam mudado a Terra-média para sua forma atual de "Europa".
Espero ter ajudado.
Dúvidas sobre personagens e histórias citados aqui, dê uma procurada no site da Valinor