No ano de 2046, Neuro-sincronização, um sistema de tecnologia que permite que os seres humanos possam manipular os seus cinco sentidos, tem se tornado comum onde as pessoas podem acessar a internet e entrar mundos virtuais. Haruyuki "Haru" Arita é um menino, baixo e gordo que, devido ao assédio moral constante tem baixa auto-estima. Para escapar do tormento da vida real, ele loga-se à rede da escola mundo virtual, onde ele joga squash sozinho e sempre obtém a maior pontuação.
Um dia Haru atrai a atenção da Vice-Presidente do Conselho Estudantil Kuroyukihime que lhe oferece o "Brain Burst", um programa secreto que permite a uma pessoa possa fazer com que o tempo pareça ter parado em seus arredores após "acelerar" as suas ondas cerebrais no mundo real. Infelizmente, há um limite para quantas vezes uma pessoa pode acelerar devido ao número de pontos do Brain Burst e a principal forma de conseguir mais pontos é lutar e derrotar os outros usuários de Brain Burst que também acessam o programa de realidade virtual massivo multiplayer online (VRMMO) jogo de luta . No entanto, se um usuário perde todos seus pontos de Brain Burst o prgrama vai desinstalar-se e bloquear todas as tentativas de re-instalação, assim, removendo permanentemente a capacidade do usuário para acelerar.
Kuroyukihime quer Haru ajudam como ela deseja atingir o nível 10 e conhecer o criador do Brain Burst para aprender o seu verdadeiro propósito. Mas para fazer isso, ela deve derrotar outros cinco Nível 9 usuários que são "Os Seis Reis de cor pura", os líderes das seis facções mais poderosas do mundo Brain Burst. Para ajudá-la, Haru concorda em ajudar Kuroyukihime reembolsar não apenas ela, mas para superar suas fraquezas.
