Ents e Águias foram seres criados pelos Valar, como nos é dito no Silmarillion (embora Tolkien avente a possibilidade das promeiras águias serem Maiar encarnados).
Eu não acho que eles possuíssem fëar. Fico com a hipótese que Tolkien levanta no Myths Transformed VIII:
Mas indubitavelmente as Águias têm algo que as difere dos simples animais, algo que as elevou a esse "nível mais alto que Tolkien se refere". Algo que lhes dá a capacidade de pensar, falar e raciocinar. Eu gosto de chamar esse algo de "mente". A mente difere do espírito em alguns tópicos: o espírito só pode ser concedido por Eru, mas a mente pode ser dada pelos Valar ou mesmo adquirida por si própria (retornarei a isto mais tarde); o espírito dá ao ser a capacidade de livre-arbítrio total, o que não parece acontecer com a mente; e a mente morre junto com o ser.
Quanto às árvores: sim, algumas árvores se movem e parecem ter a capacidade de se comunicar com outras árvores. Barbárvore menciona "árvores entescas" e ents que ficam "arvorescas". Essas "árvores entescas" parecem ser árvores que estão adquirindo consciência. Elas começam a desenvolver a mente, aparentemente por si próprias! Por isso eu disse que a mente pode ser auto-adquirida. Mas também pode ser que essa "mentalização" das árvores seja um dos desígnios de Yavanna ou do próprio Eru.