Sim, o custo é maior. Mas o trabalho é mais mecanizado, rápido e fácil. Para uma animação adaptada, o mangá já chega com todos os quadros, a posição dos personagens em cada cena, e até os movimentos (já que a linguagem do mangá é muito cinematográfica e traduz de forma muito mais detalhada o movimento dos personagens do que nas HQs americanas).
Claro que é mais caro. Mas as produtoras japonesas, para esse tipo de série semanal, barateiam ao máximo o custo. Pelo menos na arte da animação. Na dublagem até acho que fazem um trabalho primoroso (apesar de que os diálogos já vem todos prontos, né? As falas são idênticas aos balões de fala do mangá)... Mas na qualidade visual, acho que deixam muito a desejar.
Já o mangá é um trabalho artesanal, né? O mangaká é o roteirista e o desenhista. A maioria tem uma equipe pequena que ajuda na arte final, mas alguns, como o Togashi, preferem fazer todo o trabalho sozinho. Mangaká tem que vender a alma pro diabo, porque trabalha de mais. Nem sai de casa direito. Imagina, desenhar 20 páginas por semana com o detalhamento que o mangá exige. É muito mais trabalhoso mesmo.